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其基因组大小约为人类基因组的三分之一

2020-11-15 02:24

华大基因执行院长王俊教授指出:“我们应大力推动基因组数据的公开与共享,使数据能够在文章发表之前得以利用。”目前,勇地雀基因组数据不仅发表在ucsc基因组数据库,同时还发表在《gigascience》杂志及其gigadb数据库上。gigadb已采用数字对象唯一标识符(dois)对所有数据进行标识,实现了数据的可引用性。gigadb还通过采用零版权声明的方式来放弃所有数据信息的版权,以支持数据的完全公开访问与便捷获取。

中国经济网深圳8月20日讯 (记者杨阳腾 李小芳) 中国经济网记者今日从深圳华大基因研究院获悉,“万种脊椎动物基因组计划”(g10k)联盟和深圳华大基因研究院于8月16日联合宣布,完成勇地雀(geospizafortis)基因组图谱绘制。勇地雀是最早由达尔文记载的生活在加拉帕戈斯群岛上的13种达尔文雀之一,是g10k联盟最早计划进行测序的100种脊椎动物之一。

除此之外,基因组数据还可以用来保护物种资源。张国捷认为:“这项研究成果可以作为物种群体研究的基础,有助于保护珍贵雀种。我们希望能有更多的合作伙伴加入到这项研究中来。”张国捷还指出:“我们此次采用新一代测序技术对一只雌性勇地雀进行了测序,覆盖度高达115x,获得了高质量的基因组图谱,其基因组大小约为人类基因组的三分之一。另外,结合转录组数据,我们对该基因组进行了注释,获得16,286个蛋白质编码基因。”

erich javri教授主要从事与鸣禽发声学习行为相关的神经生物学机制研究,他认为勇地雀基因组的完成将有助于人们更好的了解鸣禽发声学习的进化机制。他指出:“目前科研人员已对斑马雀的发声学习进化机制进行了研究。勇地雀基因组的完成可以使我们对其结果进行验证。在雀类中,正向选择突变的基因可能与发声学习性状相关,同时这也是人类语言行为中所必须的。勇地雀存在几种不同的鸣叫方式,但是斑马雀却仅有一种固定的发声学习模式。我们推测这些差异可能是由遗传调控机制所导致的。”

目前,勇地雀的鸣叫记录已有40余载,这使人们可以更好地了解与发声学习相关的遗传学机制。这些记录中所揭示的口音模式与现存和过去的群体中的基因组信息相关联,这如同人类的语言一样。勇地雀鸣叫的不同口音可以逐代相传,但也可以随着迁徙而发生改变。此次勇地雀基因组的绘制完成,使科学家们能够更好地判定勇地雀的文化演进是部分受到遗传影响还是单纯的文化交流。

据悉,“万种脊椎动物基因组计划”旨在绘制万种脊椎动物基因组图谱,建立哺乳类、鸟类、爬行类、两栖类和鱼类等10,000种脊椎动物的遗传信息数据库,研究生物多样性和动物进化的机制,为生命科学和全球动物保护提供前所未有的基础资源。该计划现有来自全球的43个研究机构和68位科学家参与其中。2010年11月,深圳华大基因研究院与“万种脊椎动物基因组计划”联盟(g10kcos)的科学家联合宣布启动万种脊椎动物基因组一期计划。该计划将依托华大基因先进的新一代测序技术平台、前沿的信息分析和数据处理能力,在未来两年内完成对101种脊椎动物的全基因组测序,解析其遗传密码。

俄国圣彼得堡大学生物信息杜布赞斯基中心负责人、首席科学家、g10k项目的发起人stephen o’brien表示:“勇地雀基因组图谱的完成将会解开困扰生物学家一个世纪之久的进化谜题。”圣地亚哥动物园基因组学负责人oliver ryder将这个基因组提升到了一个新的层面,他指出:“勇地雀的高质量基因组图谱将会利于地球生物多样性的管理工作,同时这也是g10k联盟所不懈努力的目标。”

加拉帕戈斯群岛地理位置特殊,属于热带或亚热带干旱森林地区,干燥少雨。勇地雀的快速进化可以更好地适应岛屿环境的变化。华大基因国际联盟动植物项目负责人张国捷表示:“达尔文雀具有很重要的历史意义。当达尔文第一次研究这些鸟类时,他可能并没有想象到这些物种如今已经成为研究进化的绝佳模型。达尔文雀全基因组信息为科研人员打开了一扇新的大门,使他们可以从基因组水平上实时研究这些奇异物种的进化性变化。”

据悉,勇地雀基因组是g10k联盟和华大基因合作完成的首个可在ucsc基因组数据库中获取的脊椎动物基因组,“这是双方合作中的标志性科研成果。”杜克大学副教授erich javris表示,“本研究将有助于我们对生活在同一岛屿上的具有丰富遗传多样性的近缘物种基因组进行研究,从而使我们更好地了解这些物种的遗传学和性状进化机制。达尔文雀的表型多样性是达尔文进化论的典型例子。”